Fenerbahçe’nin altyapısından yetişen Muhammed Gümüşkaya, 2019-2020 sezonunda Fenerbahçe A Takımı’nda bazı maçlarda forma giyerek performansını sergiledi. 2020-21 sezonunda ise Spor Toto 1. Lig ekibi Boluspor’a kiralık olarak gitti ve bu sezon 22 maçta 4 gol kaydetti. Geçen sezonun başında Vitor Pereira tarafından tercih edilen Muhammed Gümüşkaya, hem UEFA Avrupa Ligi hem de Süper Lig’de görev aldı. Özellikle UEFA Avrupa Ligi elemelerindeki HJK Helsinki maçında attığı golle takımına galibiyeti getirdiği için dikkatleri üzerine çekti.
Ancak, ligin ikinci yarısında takımın başına İsmail Kartal’ın gelmesiyle şans bulamadı ve Giresunspor’a kiralık olarak gönderildi. Giresunspor’da Süper Lig’de çıktığı 14 maçta 2 gol 2 asistlik performansıyla ön plana çıktı. Sonraki sezon ise tekrar Fenerbahçe’ye döndü, ancak Jorge Jesus’un gelmesiyle daha az forma şansı buldu. Bu durum üzerine Belçika ekibi Westerlo, Muhammed Gümüşkaya için Fenerbahçe ile görüşmelere başladı ve gelen teklifi kabul ederek 500 bin Euro bonservis bedeli karşılığında Westerlo’ya transfer oldu.
Muhammed Gümüşkaya, Avrupa’da oynamak istediğini belirterek, “Avrupa hayalim vardı ve kariyerim böyle başladı. Fenerbahçe’de şampiyonluklar yaşamak ve Avrupa’ya gitmek isteyen biriydim, ancak kısmet olmadı. Şu anda Avrupa’da kendimi geliştirerek devam etmek istiyorum” dedi. Transfer sürecini ise şu şekilde değerlendirdi: “Büyük bir Fenerbahçeliyim. Sokakta futbol oynarken bile Fenerbahçe forması giyiyordum. A takım forması giyme gururunu yaşıyorum. Şu an Fenerbahçe forması giymiyorum, ama hala büyük bir Fenerbahçeliyim.”
Muhammed Gümüşkaya, geçtiğimiz sezon 17 resmi maçta 1 gol atan ve bu sezon 3 maçta forma şansı bulan bir performans sergiledi. Şimdi ise Süper Lig’e geri dönme şansını elde etti. Samsunspor, 22 yaşındaki oyuncuyu sezon sonuna kadar kiraladığını duyurdu. Kulüpten yapılan açıklamada, “Muhammed’i kadromuza katmaktan mutluluk duyuyoruz” denildi.