Fenerbahçe’de beklenen performansı gösteremeyen bir oyuncu, bir yıl sonra takımdan kiralık olarak gönderildi. Ancak form grafiği hızla yükselerek büyük takımların dikkatini çekti. Eylül 2021’de Fenerbahçe, o sıralar Avusturya’da Salzburg’da oynayan Mergim Berisha’yı 5 milyon Euro karşılığında transfer etti. Fenerbahçe formasını 32 kez giyen Berisha, sekiz gol atmayı başardı ve üç asist yaparak önemli katkı sağladı.
Fenerbahçe, 2022/2023 sezonunda Almanya Bundesliga ekibi Augsburg’a Berisha’yı kiraladı. 25 yaşındaki oyuncu gösterdiği performansla dikkatleri üzerine çekti ve Almanya Milli Takımı’na seçildi. Almanya Milli Takım Teknik Direktörü Hansi Flick, Berisha’yı Peru ve Belçika ile oynanan hazırlık maçlarında kadroya dahil etti. Geçen sezon Bundesliga’da 23 maçta forma giyen Berisha, dokuz gol atma ve dört asist yapma başarısı gösterdi.
Augsburg, sezon başında Fenerbahçe’den opsiyonlu olarak Mergim Berisha’yı transfer etmişti. Oyuncunun etkileyici performansının ardından 4.50 milyon Euro’luk opsiyon kullanıldı. Resmi olarak duyurulduğunda, Mergim Berisha’nın bir süredir Borussia Dortmund’a transfer olacağı konuşulsa da, Bundesliga ekibi Hoffenheim ile anlaştığı açıklandı. Hoffenheim, 25 yaşındaki futbolcuyla 4 yıllık bir sözleşme imzalayarak Augsburg’a 14 milyon Euro bonservis bedeli ödedi.
